Neste jogo Khronos, o maior inimigo de Ben, está de volta com um exército de inimigos perigosos de Ben para conquistar cada planeta no universo. Depois disso, ele planeja destruir a Terra e Arraia à Jato Supremo abre o Projetor de Maldade para liberar alguns Alienígenas sobre Belwood. Quando Ben vê os alienígenas invasores e está prestes a virar herói,Paradoxo chega dizendo que agora não é o momento de usar Alien X M.Paradoxo desaparece, Ben, Gwen e Kevin vão lutar contra os aliens. Quando Ben encontra Arraia à Jato Supremo em um telhado, ele acaba por desencadear algumas Monstros sobre Ben.Ben cruza para o telhado que onde está Arraia onde Ben acaba lutando com Arraia e mais Monstros. Quando Arraia é derrotado, ele trás Khronos e Khronos ataca Ben.Ben usa ma combinação de ataques de todos os Aliens Supremos para acabar com Khronos. Com Khronos derrotado, Ben retorna ao normal e Ben descobre que o novo Omnitrix não está funcionando. Azmuth chega e diz a Ben que a sua constante evolução em alienígenas diferentes colocou o Omnitrix no modo de reinicialização. Ben diz a Azmuth que a Terra esta invadida e Azmuth vê que precisa de recarga e diz a Ben para exercer o novo Omnitrix sabiamente. Gwen e Kevin chegam ate Ben. Assim como ele estava prestes a dizer-lhes que o Novo Omnitrix está em modo de reinicialização, Paradoxo chega dizendo que é tarde demais para salvar a Terra. Embora Paradoxo volta no tempo e dá uma mensagem de Vo Max(antes de morrer em um episódio). A mensagem de vô Max criptografadas que vêm de todo o Encanador da galáxia.vô Max diz a Ben para obter Gwen e Kevin para que eles possam encontrar-se com vô Max no planeta Vulpin. Para chegar ao Vulpin, Ben pede Ship.
Ao chegar em Vulpin, Ben encontra um crachá dos Encanadores com uma mensagem do vô Max afirmando que as forças de Khronos já invadiram Vulpin e estão usando a refinaria local para criar uma tecnologia desconhecida para Khronos. Enquanto em Vulpin, Ben confronta muitos Bestas mutados, Ben após derrotar os Bestas acaba entrando em conflito com os Besta de Khronos após derrotar ele, Ben encontra uma Insignia dos Encanadores dizendo para Ben ir para Terradino para outra missão.
Ao chegar em Terradino, Ben encontra outra Insignia dos Encanadores com uma mensagem do vô Max afirmando que as forças de Khronos assumiram Terradino e ainda não encontraram o núcleo de energia.vô Max também afirma que o núcleo de energia está localizado em um templo próximo. Ben acaba encontrando Enormossauro Supremo que desencadeia alguns Enormossauros sobre Ben. Ben derrota Enormossauro Supremo e destrói o núcleo de energia como Gwen e Kevin o encontram. Ben encontra outro Insignia dos Encanadores com uma mensagem do vô Max afirmando que ele teve que atender alguns negócios urgentes em Encephalonus IV e que um novo inimigo de Ben também foi avistado lá.
Chegando Encephalonus IV, Ben ainda está se perguntando quem é o novo inimigo que está à espreita em Encephalonus IV. Enquanto chega ao núcleo de energia, Ben descobre que o inimigo que Vô Max estava falando foi Super Artrópode. Depois de derrotar Super Artrópode, Ben destrói o núcleo de energia. Ele, Gwen e Kevin encontram uma Insignia dos Encanadores com uma mensagem do vô Max. Ele afirma as suas suspeitas de que suas mensagens para Ben estão a ser interceptadas e não sabe quanto tempo ele pode ficar em contato com Ben. Ele, então, Ben informa que Khronos esta procurando o último núcleo de energia e que está em Anur Phaetos que Gwen é lembrada por Ben que ele é o planeta onde Zs'Skayr M mora. Apenas então, uma mensagem de Khronos vem afirmando a Ben que ele é em trama de Ben e promete obter o núcleo de energia passado.
Embora a procura de Anur Phaetos, Ben, Gwen e Kevin encontram Verdona Tennyson M em sua forma Anodita que foi convidada por vô Max para ajudá-los a chegar ao Anur Phaetos. Verdona cria um portal para Anur Phaetos e acaba separando Ben de Gwen e Kevin. Após aparecer em Anur Phaetos, Ben encontra Zs'Skayr que afirma a Ben que ele está no seu domínio Agora, antes de sair. Ben consegue chagar até Zs'Skayr e derrotá-lo. Depois que Ben está reunido com Gwen e Kevin, Gwen afirma que Verdona está muito longe de Anur Phaetos. Paradoxo chega e os recebe de volta à sua própria dimensão. Ele também afirma que o único material para fazer outros núcleos de energia é Ouro de Cromatico que está localizado em MorOrtesi sendo experimentadas para criar um núcleo de energia para Khronos usar para conquistar a Terra.
Após a chegada em Mor Otesi, Ben faz o seu caminho para o núcleo onde a energia está sendo feita. Ben acaba encontrando Crómatico Supremo que acaba luta com Ben para descobrir quem tem o Cristal Crómatico melhor. Com Crómatico Supremo derrotado e o núcleo de energia destruido, Ben se reúne com Gwen e Kevin que conseguiram ajuda de Cooper para chegar a Ben.vô Max aparece em pessoa e revela que ele não morreu e que o núcleo de energia final está dentro do Nulificador. Ele dá um Skeleton Key a Ben para ele entrar e sair do Nulificador. Veja como ele apenas permite uma pessoa a usá-lo, Ben acaba usando-o para entrar no Nulificador.
Após a chegada ao Nulificador, Ben faz o seu caminho para onde vô Max estava hospedado durante seu tempo no Nulificador. Ben acaba encontrando um Monstro Gigante que está chamando a si mesmo Monstrengo. Depois de derrotar Monstrengo, Ben encontra a caixa que o núcleo de energia está dentro Ben leva o núcleo de energia e se teletransporta para fora do Nulificador.
No momento em que eles conseguem retornar à Terra, os Monstros estão atacando Bellwood(agora renomeada Cidade de Khronos). Devido à sua interferência no passado,Khronos não tem qualquer poder para liberar qualquer alienígenas mais do Projetor de Maldade. Enquanto Gwen, Kevin e Vovô Max lutam com alguns dos alienígenas, Ben vai atrás de Khronos enquanto luta através de alguns Monstros poderosos que foram desencadeados. Quando Ben enfrenta Khronos em sua Cidade, a luta final começa. Quando Ben derrota Khronos,Arraia aparece e arrebata o núcleo de energia a partir para a ativar o Projetor de Maldade. Quando Arraia liga o Projetor de Maldade, Paradoxo aparece dizendo a Ben que agora é a hora de usar Alien X M. Quando Alien X M é ativado, Ben tenta conversar com Bellicus e Serena (mente individual do Alien X M) para ajudar a impedir que a Terra seja destruída. Alien X M usa seus poderes para redirecionar o feixe do Projetor de Maldade em direção de Khronos e Arraia e enviá-los para o Nulificador. Quando Alien X M se transforma de volta para Ben Tennyson, Azmuth aparece e parabéniza Ben por salvar a Terra. Ele, então, recompensa Ben fazendo alguns ajustes no novo Omnitrix.
Fases:
Fase 1 Bellwood:
Monstros de Khronos
Arraia à Jato Supremo(Chefe)
Khronos(mini Chefe).
Fase 2 Vulpin:
Bestas(Alien de Ben)
Besta Khronos(Besta de Khronos).
Fase 3 Terradino:
Enormossauros
Enormossauro Supremo.
Fase 4 Encephalonus IV:
Artrópodes
Super Artrópode.
Fase 5 Anur Phaetos:
Fantasmaticos
Zs 'Skayr.
Fase 6 MorOtesi:
Cromatico
Cromatico Supremo.
Fase 7 Nulificador:
Monstros
Monstro Gigante.
Fase 8 Cidade de Khronos:
Monstros do Nulificador
Khronos.